Kun ohjelma avautuu, valitse joko koodatun viestin laatiminen eli Encode-painike, tai koodatun viestin avaaminen eli Decode-painike. Help-painikkeesta saat esille englanninkielisen ohjeen ja About-painiketta napsautta- malla saat tietoja ohjelman tekijöistä. Kun laadit salaista viestiä, napsauta ensin Encode. Kirjoita sitten nimesi ja viesti, jonka haluat lähettää. Kun olet valmis, napsauta uudelleen Encode-painiketta, niin ohjelma kääntää viestin salakieliseksi. Kun ohjelma on valmis, napsauta painiketta Copy To Clipboard. Sen jälkeen voitkin lähettää salaisen viestisi esimerkiksi sähköpostilla. Myös sen lukemiseen tarvitaan Secret Squirrel Super Sonic Decoder -ohjelma. Jos haluat kokeilla, toimiiko ohjelma, tai harjoitella viestin vastaanottamista, napsauta Go To Decode -painiketta, niin saat viestin purettua selväkieliseksi. Napsauta ensin Paste-painiketta. Viestisi tulee esiin salakielisenä. Napsauta sitten Decode. Ohjelma kertoo, keneltä viesti on peräisin ja näyttää sen selväkielisessä muodossa. Ohjelmassa ei voi käyttää å, ä tai ökirjaimia eivätkä viestit saa olla yli 63 kirjaimen pituisia. Jos sinut yllätetään salaista viestiä lukiessasi, valitse nopeasti valikkopalkin Edit-valikosta kohta Clear All Fields, niin teksti häviää näytöltä.

Secret Squirrel Super Sonic Decoder -ohjelma päätetään valitsemalla valikkopalkin File-valikosta kohta Quit.

Secret Squirrel toimii Windows 3.1ssä tai sitä uudemmassa Windowsissa.

Vähimmäisvaatimukset
486 CPU
8 Mt ram
2 Mt levytilaa

Ohjelman poistaminen
Ohjelma nimeltään Uninstall Secret Squirrel. Kun suoritat sen, Secret Squirrel poistuu koneestasi.